Ученым Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне удалось смоделировать 1,2 микросекунды жизни капсида ВИЧ – белковой оболочки клетки, которая защищает ДНК вируса и отвечает за внедрение вируса в ядро клетки человека. Для этого потребовалось почти 2 года работы двух сверхкомпьютеров.
Моделирование 64 миллионов атомов дает новое представление о том, как вирус воспринимает окружающую среду и завершает свой цикл инфицирования, говорится в статье, опубликованной в журнале Nature Communications. «Мы изучаем не только структуру, но и детали системы капсидов ВИЧ, и то, как они меняют окружающую среду и реагирует на нее», — сказал ведущий соавтор исследования Хуан Р. Перилла. Для этого исследования профессор физики Клаус Шультен впервые применил моделирование молекулярной динамики для изучения больших биологических систем и назвал это методом «вычислительной микроскопии».
Капсид ВИЧ состоит из сотен идентичных белков, уложенных в пяти- и шестигранные структуры с крошечной порой в середине. Ученые обнаружили, что на внутренней положительно заряженной стороне капсид скапливаются отрицательные ионы, а на внешней отрицательно заряженной стороне – положительные ионы. По словам Периллы, если нарушить этот электростатический баланс, то капсид разорвется.
Данные этого исследования показывают потенциальные уязвимости системы капсид, которые могут быть использованы для разработки новых препаратов против вируса ВИЧ, сказал Перилла, сообщает EurekAlert.
The post Ученые смоделировали частичку жизни защитной оболочки вируса ВИЧ и нашли в ней уязвимости appeared first on РИА АМИ.
Powered by WPeMatico
